Fluorescencyjna hybrydyzacja in situ (FISH)
Hybrydyzacja in situ oznacza wykrywanie określonych sekwencji przy pomocy sond molekularnych, komplementarnych do fragmentów DNA, które niejako „rozpoznają” określone regiony chromosomów, dzięki czemu powstają kompleksy DNA. W zależności od typu sondy można rozpoznać różne fragmenty chromosomów, określić ich wielkość lub wyznakować całe chromosomy. Dzięki temu możemy dostać informacje na temat genotypy mikroorganizmu a także dokonać jego detekcji w materiale biologicznym.
Technika badania:
Najczęściej odpowiednie przygotowanie komórek do badania polega na usunięciu cytoplazmy i utrwaleniu jąder komórkowych na szkiełku podstawowym. Fluorescencyjna sonda jest nanoszona na preparat i całość podawana jest krótkotrwałej denaturacji w podwyższonej temperaturze, a następnie kilkugodzinnej hybrydyzacji. Kolejnym etapem jest usunięcie nadmiaru niezhybrydyzowanej sondy przez kilkukrotne odpłukanie preparatu i uwidocznienie jąder komórkowych barwnikiem specyficznym dla DNA (przeważnie stosowany jest DAPI). Tak przygotowany preparat można analizować pod mikroskopem fluorescencyjnym. Popularnymi znacznikami fluorescencyjnymi, używanymi do znakowania sond są rodamina i fluoresceina, a także kumaryna.
Zastosowanie:
- Przydzielenie taksonomiczne mikroorganizmów
- Rozpoznanie mikroorganizmów w innym materiale biologicznym
- Poznanie genotypu mikroorganizmu
- Możliwość obserwacji ewentualnych mutacji, jakie zachodzą w mikroorganizmie
Inne Zastosowania:
W medycynie
- Diagnostyka u pacjentów z podejrzeniem niektórych zespołów lub zaburzeń o podłożu genetycznym
- Medycyna prenatalna - diagnostyka zaburzeń oraz screening - kilka sond służy do diagnostyki aneuploidii chromosomów 21, 13, 18, X i Y w badaniach prenatalnych
- Diagnostyka genetyczna oraz leczenie i jego modyfikacja w przypadku chorób nowotworowych – np. ocena liczby kopii danego genu w komórkach nowotworowych (np. analiza genu HER2 w przypadku raka piersi, w kontekście modyfikacji dalszego leczenia
- Identyfikacja drobnoustrojów w materiale biologicznym u pacjenta lub jako metoda skreeningowa zakażenia np. Metoda FiSH, ze względu na swoją wysoką wrażliwość i wysoką specyficzność, pozwala szybko zidentyfikować w materiale pobranych z dróg oddechowych typ bakterii Achromobacter xylosoxidans oraz Alcaligenes faecalis.
Chromosomy metafazowe człowieka poddane badaniu FISH
Chromosomy komórki metafazowej Interfazowe jądro limfocytu
Nomnomnom2110