Wykład 3.pdf

(1846 KB) Pobierz
Microsoft PowerPoint - W3_09.ppt
Zagadnienia omawiane na wykładzie
1. Modelowanie molekularne – wprowadzenie
2. Oddziaływania mi ħ dzyatomowe w układzie molekularnym:
a. posta ę funkcji potencjału opisuj Ģ cej oddziaływania
b. parametry funkcji potencjału opisuj Ģ cej oddziaływania
c. wymiar problemu i stosowane przybli Ň enia
3. Optymalna struktura układu molekularnego
a. metody minimalizacji funkcji potencjału – problem
lokalnego minimum
4. Dynamiczne zachowanie układu molekularnego
a. symulacja dynamiki molekularnej – rozwi Ģ zanie równania
ruchu dla ka Ň dego atomu w układzie
b. symulacja dynamiki molekularnej – wymiar problemu i
stosowane przybli Ň enia
1
M. Pasenkiewicz-Gierula, IIR BT, 2009/10 WBBiB UJ
 
Wykład III
Optymalizacja struktury układu molekularnego
1. Mechanika molekularna – zwi Ģ zek struktury z energi Ģ
a. minimum globalne funkcji potencjału
b. minimum lokalne funkcji potencjału
c. minimalizacja funkcji potencjału – proces iteracyjny
d. przykłady wykorzystania mechaniki molekularnej
2
M. Pasenkiewicz-Gierula, IIR BT, 2009/10 WBBiB UJ
 
Funkcja potencjału
E
( C
)
=
Ã
K
(
b
−
b
)
2
+
Ã
K
(
q
−
q
)
2
+
Ã
V
1
+
cos(
n
j
j
)
]
pot
b
0
q
0
2
0
b
q
j
Ç
Ä
r
*
Ô
12
Ä
r
*
Ô
6
×
q
q
Å
Õ
Å
Õ
+
Ã
e
È
É
−
2
Ø
Ù
+
Ã
i
j
È
r
r
Ø
e
r
Æ
Ö
Æ
Ö
i
<
j
i
<
j
ij
ij
ij
Funkcja potencjału układu molekularnego jest sum Ģ
wszystkich oddziaływa ı (wi ĢŇĢ cych i niewi ĢŇĢ cych) jakie
zdefiniowali Ļ my w układzie
3
M. Pasenkiewicz-Gierula, IIR BT, 2009/10 WBBiB UJ
R
[
−
n
352969792.001.png 352969792.002.png
Jak mo Ň emy wykorzysta ę zdefiniowan Ģ funkcj ħ potencjału?
4
M. Pasenkiewicz-Gierula, IIR BT, 2009/10 WBBiB UJ
 
Jak mo Ň emy wykorzysta ę zdefiniowan Ģ funkcj ħ
potencjału?
Do optymalizacji struktury układu molekularnego (Mechanika
Molekularna – Molecular Mechanics )
Do generowania dynamicznego zachowania układu (Symulacja
Dynamiki Molekularnej – Molecular Dynamics Simulation )
5
M. Pasenkiewicz-Gierula, IIR BT, 2009/10 WBBiB UJ
 

Plik z chomika:

Inne pliki z tego folderu:

Inne foldery tego chomika:

Zgłoś jeśli naruszono regulamin