biochemia2.doc

kolokwium1

1opisać strukturę 3 rzędowa
2napisac 2 bialka proste
3trojpeptyd z aminokwasem kwasnym i aromatycznym
4podac 2 oligopeptydy i znaczeniw ich

5napisz wzor tripeptydu zbudowanego z aminokw. egzogennych, zaznacz N i C
nazwij go
6jakie znasz bialka fibrylarne podaj wzor i przyklad aminokwas.
struktura 1 i 2 rzed, opisz je, jakie wiazania i narysuj

Kolokwium2

1. Sprzężenia energetyczne co to jest. napisz wzór i podaj pełną nazwę zw. bezpośrednich w sprzężeniu energetycznym. co to jest wiązanie makroergiczne
2. Na czym polega rola katalityczna enzymu. Wyjaśnić pojęcia: miejsce aktywne enzymu, aminokwas kontaktowy
3. Na czym polega hamowanie aktywności enzymatycznej na drodze inhibicjikompetencyjnej. czy jest to inhibicja odwracalna. odp uzasadnij. Podaj przykład enzymu i jego inhibitora kompetencyjnego.
4 opisz wpływ temperatury na szybkość reakcji enzymatycznej.

1Jak pH wpływa na reakcje enzymatyczne?
2Co to jest energia chemiczna?.czy coś w tym stylu
3Co to jest potencjał reakcji?
4Co oznacza G<0 i G>0 ?

1.Narysować wzór ATP i podać pełną nazwę.
2.Co to są związki makroergiczne i co to jest sprzężenie zwrotne?
3.Opisać, dlaczego inhibicja kompetencyjna hamuje reakcje
enzymatyczne (przykłady inhibitorów i enzymów).
4.Jak temperatura wpływa na reakcje enzymatyczne?
5.Co to są aminokwasy kontaktowe?
6.W jaki sposób można zbadać aktywność fosfatazy kwaśnej?

Kolokwium3

1 Narysuj wzór NAD+ i pokaż najważniejsze miejsce w enzymie
2 Narysować zredukowaną formę witaminy C
3 Co to jest jednostka uniwersalna
4 Do jakiej grupy należą enzymy lipaza, dehydrataza i oksydaza
5 Co to jest sprzężenie zwrotne negatywne

Kolokwium4

1Fosforylacja substratowa - przykład
2reakcja glikolizy -przykład
3dekarboksylacja- przykład

4Hydroliza glikogenu
5Fosfoliza
5Cykl krebsa-granice wartości dla eukariota i prokariota

Kolokwium5

1. Karnityna- co to? funkcje? Reakcja hydratacji b-oksydacji kw.
tłuszczowych
2.napisz reakcje tworzenia malonylo-CoA. nazwij enzym, podaj klasę.
podaj różnice między oksydacją a biosyntezą.
3.Funkcje lipidów.Co to są tł. własciwie i złożone.
4.reakcja utlenienia w cyklu pentozofosforanowym. podaj enzym,
klase. w jakich warunkach regenerowana jest heksoza?
5 sens cyklu pentozofosforanowego
6.reakcja kondensacji acetyloACP i malonyloACP
7.wymień prekursory glukoneogenezy. napisz rekacje katalizowana
przez karobskylaze pirogronianowa. podaj klase enzymu. gdzie
zlokalizowana ta reakcja?
8.podaj reakcje oksydaci z enzymem należącym do osydoreduktaz, podaj
enzym. gdzie zachodzi oksydacja?
9.funkcje cyklu pentozofosforanowego. napisz jedna rekacje
utlenienia, podaj enzym i jego klase
10.sumaryczna reakcja utlenienia plamitynianu. ile ATP?
11.reakcja glicerol w fosfodihydroksyaceton, eznym,.klasa
12.reakcja aktywacji tłuszczów, enzym,klasa. gdzie zachodzi
aktywacja, gdzie rozkład?
13.reakcja izomeryzacji
14. sumaryczna reakcja biosyntezy palmitynianu
15.glukoneogeneza, reakcja z GTP
16.co to tł własciwie, wzór ogólny
17. reakcja utleniania acylo-CoA
 

kolokwium6

1.sumaryczna rekacja wiazania azotu (czy cos takiego), podac dwa
organizmy ktore ja przeprowadzaja
2.rekacja GS/GOGAT katalizowana przez liazy, podac enzym, gdzie
zachodzi
3.reakcja cyklu mocznikowego zachodzaca w mitochondrium, klasa
enzymu
4.grupy barwnikow fotosyntetycznych, funckje, transport elektornu w
procesie fosforylacji cyklicznej

Kolokwium7

1.Co to jest kodon i antykodon?
2.Co to jest mić prowadząca, nić opóżniona,starter
3.Podaj reakcję biosyntezy białek
4.Narysuj związek CTP i napisz pełną nazwę
5.Co to jest replikacja semikonserwatywna i w jakim kierunku biegnie
6.Co to jest kod genetyczny i jego cechy
7.Narysować i podać pełną nazwę dGTP
8.Funkcje mRNA tRNA rRNA snRNA
9.Co to jest polirybosom, faza elongacji w translacji i na czym polega
10.Wyjaśnij pojęcia: helikaza,topoizomeraza, prymaza, widełki
replikacyjne

1.reakcje aktywacji aminokwasów klasa i nazwa enzymu
2. Dna, funkcja
3.reakcje występujące w DNA i RNA (są takie 5 z rybozą, bodajże
adenina, cytozyna, itd.)
4.dCMP dGMP wzór nazwa
5.funkcje helikazy prymazy topimerazy DNA
6.Kodon a antykodon, Nici
 

KOLOKWIUM I

Struktura pierwszorzedowa-liczba i kolejnosc ulozenia reszt aminokwasowych w łańcuchu polipeptydowym. Liniowa sekwencja aminokwasów połączonych ze soba za pomocą wiązania peptydowego.

Struktura drugorzedowa-sposob i stopień skręcenia lub pofałdowania pojedynczego łańcucha polipeptydowego.Helisa a stanowi cylindryczne,spiralne ułożenie aminokwasów utrzymane dzięki wiązaniom wodorowym

Struktura b-wiazanie wodorowe powstaje miedzy przylegającymi częściami polipeptydu,ktore sa ułożone w tym samym kierunku (równoległa struktura b) lub w przeciwnych kierunkach (antyrownolegla struktura b)

Struktura trzeciorzędowa-stopien zwiniecia lancucha polipeptydowego w przestrzeni.Ta biologicznie aktywna,,sztywna konformacja jest utzrymywana dzieki szeregowi wiazan niekowalencyjnych.

Struktura czwartorzedowa-stopien asocjacji podjednostek w wieksze agregaty.W sklad wchodzi więcej nic jeden łańcuch polipeptydowy,dotyczy przestrzennego ułożenia polipeptydow.

Protaminy:rozpuszczalen w wodzie,termostabilne polipeptydy,zawieraja duzo aminokwasow zasadowych.Wystepowanie i funkcja-wystepuja w plemnikach ryb w polaczeniu z kwasami nukleinowymi np u sledzi

Histony:niskoczasteczkowe bialka zasadowe,rozpuszczalne w roztworach soli,umiarkowanie termostabilne.Wystepowanie i funkcja:bialka jadra komorkowego,rola podporowa dla DNA,uczestnicza w regulacji aktywności genow

Glutation-uczestniczy we wszystkich reakcjach oksydoredukcyjnych w komorce

Oksytocyna-skurcze miesni gladkich,bierze udzial w czasie porodu

Keratyna,kolagen,fibryna-bialka fibrylarne

KOLOKWIUM II

Sprzężnie energetyczne-wykorzystanie energii powstałej w reakcjach egzoergicznych do przeprowadzenia reakcji endoergicznych

Wiazanie makroergiczne-wiazanie w wyniku hydrolizy ktorego uwalnia si co najmniej -25 kJ/mol energii.

Rola katalityczna enzymu polega na:

Obnizeniu en. Aktywacji reakcji chemicznej,poprzez takie uksztaltowanie substratu,aby byl on gotowy do przemiany chemicznej/zwiekszeniu prawdopodobienstwa zderzen czasteczek reagujacych ze soba poprzezzageszczenie ich na powierzchni katalizatora/ukierunkowaniu przestrzennym czasteczek substrattow zwlaszcza ich grup funkcyjnych.

Miejsce aktywne-jest t obszar czasteczki enzymu w ktorym czasteczka substratu zosatje zwiazana i poddana katalizowanej reakcji

Aminokwas kontaktowy:bierze udzial w wiazaniu substratu z enzymem/bierze bezposredni udzial w katalizie

Energia chemiczna-energia zawarta w zwiazkach chemicznych,tzn w wiazaniach chemicznych, ktore wystepuja w tych zwiazkach. U eurotrofow energia pochodzi z fotosyntezy.U heterotrofow dostraczona jest wraz z pokarmem. Energia uwalnia sie z zwiazan.

Potencjal chemiczny zwiazku-calkowita energia chemiczna zwiazku(c.e. skumulowana w wiazaniach chemicznych)/ilosc energii,ktora moze uwolnic sie w wyniku calkowitego utleniania danego zwiazku do CO2 i H2O.

∆G<0-reakcja w przebiegu ktorej uwalnia sie energia,a produkty maja mniejszy potencjal niz substraty(reakcja egzoergiczna)

∆G>0-reakcja do przebiegu ktorej niezbedne jest dostarczenie energii z zewnatrz. Potencjal produktu jest wiekszy niz substratow (r. endoergiczna)

KOLOKWIUM III

Jednostka uniwersalna-jest to taka ilosc enzymu,ktora przeksztalca 1 µmol substratu w ciagu 1 min w temp. 30°C,przy optymalnym pH i nadmiarze substratu

KOLOKWIUM V

Karnityna-przenosi zaktywowane kw. Tłuszczowe o długich łańcuchach do matriks mitochondrialnej

1)składniki strukturalne błon komórowych/2)magazyn energii w kom. Tkanki tłuszczowej/3)skl. Ochronne ścian kom. Wielu bakterii,kom roślinnych,szkieletu zew. Owadow/4)pochodne kw. Tłuszczowych pełnia funkcję hormonów lub cząstek sygnałowych

Tłuszcze własciwe-estry kw. Tłuszczowych i glicerolu

Tłuszcze złożone-estry kw. Tłuszczowych z różnymi alkoholami zawierającymi oprócz gr. Alkoholu i kw. Tłuszczowych jeszcze dodatkowe grupy np. P

Utlenianie glukozo-6-fosforanu do rybozo-5-fosforanu (niezbędny do syntezy RNA,DNA,NAD+,FAD,ATP,koenzymu-A)/wytworzenie NADPH(uczestniczy jako siła redukcyjna w wielu szlakach biosyntetycznych,zwłaszcza w syntezie kw. Tłuszczowych)

PREKURSORY:mleczan,aminokwasy,glicerol,wchodzą na szlak glukoneogenezy głownie jako pirogronian,szczawiooctan,fosfodihydroksyaceton

Palmityno-CoA+7FAD+7NAD(+)+7CoA+7H2O->8acetylo-CoA+7FADH2+7NADH+7H+

7NADH x 2,5ATP, 7FADH2 x 1,5ATP, 8acetylo-CoA x 10ATP,2 x ATP zuzywane w pr. Akt, palmitynianu (- 2 x ATP)

KOLOKWIUM VI

1)chlorofile a) i b)->główny barwnik fotosyntezy,2)karetonoidy+karoteny+ksantofile,3)fikobiliny(u krasnorostow,sinic,bakterii)

KOLOKWIUM VII

Kodon-informacja genetyczna zapisana w mRNA zakodowana jest w postaci trójek nukleotydów.3 kolejne nukleotydy mRNA kodujące jeden aminokwas to kodony.

Antykodon-trójka nukleotydów,która jest komplementarna do kodonu w mRNA(występuje w tRNA)

Nic wiodaca-nic DNA syntetyzowana w sposob ciagly od miejsca inicjacji w kierunku zgodnym do przesuwania sie w. replikacyjnych(5’->3’)

Nic opozniona-nic DNA syntetyzowana w postaci tzw. Fragmentow Okazaki,fragmenty te syntetyzowane sa w kierunku 5’->3’,cala nic wydluzana w kierunku 3’->5’

Starter-krotki fragment DNA o wolnej grupie 3’-OH,do ktorego polimeraza DNA dobudowuje kolejne nukleotydy

Replikacja semikonserwatywna:w czasie replikacji do kozadej nici macierzystej dobudowuje sie komplementarna nic potomna/po podzila kom. Kazda kom. Otrzymuje 1 nic z cz.macierzystej i 1 nowa nic potomna

Kod genetyczny-reguly tlumaczenia sekwencji nukleotydow w DNA na sekwencję aminokwasow w białku za pomocą mRNA.która trójka nukleotydów koduje który aminokwas.Cechy:trojkowy,bezprzecinkowy,uniwersalny,zdeterminowany,zdegenerowany.

Funkcje:snRNA-malejądrowe RNA,ktore bierze udzial w dojrzewaniu mRNA,mRNA-przenosnik informacji genetycznej okreslajacej kolejnosc laczenia sie aminokwasow w biosyntezie bialka.Przenosi informacje z jadra do cytoplazmy na rybosomy,rRNA-funkcje strukturalne.Rdzeń rybosomów na ktorych mRNA ulega translacji do białek. Czasem f. katalityczne-->rybozymy(jak enzymy) tRNA-transportujący,działaja jako czasteczki adaptorowe,przyłączają aminokwasy i dostarczają go na rybosomy(miejsce syntezy białka)

Polirybosom-kompleks wielu rybosomow dokonujacych translacji jednoczasteczkowych czastek mRNA w tym samym czasie. Rybosomy oddalone sa od siebie o ok. 80 nukleotydow i sa na roznych etapach transkrypcji

Faza elongacji w translacji:

1-etap czasteczka aminoacylo-tRNA odpowiednia dla kodonu na mRNA wiąze sie do miejsca A na rybosomie

2 etap-utworzenie wiazania peptydowego pomiedzy dwoma aminokwasami

3 etap-cykl przemieszczen-translokacja

Helikaza-przerywa wiazania wodorowe(2 czast. ATP-1 wiaz.wodorowe)

Topoizomeraza-relaksuje skręcenie podwójnego heliksu-rozkręca heliks DNA

Prymaza-syntetyzuje startery RNA

Ligaza-łączy fragmenty Okazaki(1000-2000 nt)

Widelki replikacyjne-miejsce,w ktorym zachodzi rozdzielenie nici i synteza nowego DNA